Suite directe du premier opus, Spectrobes : Les Portes de la Galaxie sur Nintendo DS poursuit les aventures de Rallen et Jeena, agents de la patrouille interplanétaire. Chargés de découvrir et d’excaver d’anciens fossiles, ils réveillent et entraînent les Spectrobes, créatures puissantes utilisées pour affronter des ennemis toujours plus dangereux. Cette fois, leur enquête les mène à percer le mystère de portails dimensionnels menant vers des mondes lointains, tout en affrontant une nouvelle menace déterminée à anéantir les Spectrobes.