Cyber Shinobi sur Master System est un jeu de plates-formes dans lequel vous incarnez un guerrier ninja nommé Joe Musashi. Vous êtes chargé de neutraliser Cyber Zeed avant qu’il n’utilise les tonnes d’uranium subtilisées dans des centrales nucléaires. Six niveaux durant, utilisez vos poings, vos pieds, votre nunjitsu et vos attaques spéciales contre les nombreux ninjas qui vous barrent la route.