Dans les montagnes du Japon, se trouve un ninja solitaire. Il a senti la présence d’un vieil ennemi devenant à nouveau une menace. Le nom du ninja est Joe Musashi. Son ennemi est Neo Zeed qu’il a déjà vaincu, et qui a un nouveau plan maléfique qui ne peut être arrêté que par Joe Musashi – mieux connu sous le nom de Shinobi!