Pokémon Puzzle Collection est jeu de casse-tête. 3 types de puzzles sont disponibles : Shadow Puzzle, Motion Puzzle et Rescue Mission. Un quatrième, Power On, est disponible après avoir terminé les 30 puzzles.
Il y a 20 énigmes pour chaque type, divisées en cinq niveaux, avec quatre énigmes pour un niveau. Les niveaux des puzzles sont de plus en plus difficiles. Une fois qu’un casse-tête est résolu, les Pokémon sont ajoutés au Pokédex du jeu.