Vous êtes un Pokémon et vivez à Bourg Tranquille, qui est habituellement un havre de paix. Toutefois, votre partenaire et vous allez rapidement le quitter pour rejoindre les Grands Explorateurs, un groupe qui explore et cartographie le monde. Vous commencez alors à vous aventurer dans de vastes donjons mystères emplis de Pokémon. Les donjons regorgent de dangers, pièges, déclencheurs et éléments naturels comme des lacs et des ruisseaux, mais aussi bien sûr de nouveaux Pokémon. De nombreuses récompenses attendent ceux qui parviennent à les traverser d’un bout à l’autre. Mais si vous tombez K.O., vous risquez de devoir reprendre à l’entrée du donjon, perdant au passage tous vos objets et votre argent ! Chaque voyage dans ces donjons est différent : tout, du décor à l’emplacement des Pokémon, est créé de façon aléatoire chaque fois que vous y entrez.