Pour sauver la région de Ransei de Nobunaga, un puissant seigneur de guerre qui essaie de prendre le contrôle de Ransei, les joueurs incarnent un jeune dresseur de pokemon, ensemble, ils doivent recruter des alliés pour conquérir les 17 différents royaumes et étendre le leur. L’unification du royaume réveillera le Pokémon légendaire et sauvera la terre de la destruction. Au cours de leur voyage, les joueurs rencontreront une grande variété de Pokémon, ainsi que des guerriers et des seigneurs de guerre inspirés de l’ère féodale japonaise. Le jeu contient près de 200 Pokémon issus des jeux Pokémon Black et Pokémon White.