Panzer Dragoon raconte l’histoire de Keil Fluge (sans nom dans les versions occidentales), membre d’un groupe de chasseurs qui assiste à un combat entre deux dragons, le Solo Wing (en bleu) et le Dark Dragon (en noir). Le cavalier de Solo Wing est mortellement blessé dans la bataille et confie sa mission, ainsi que son dragon, à Keil.
Keil doit empêcher le Dragon Noir de réactiver une ancienne ruine et de ravager le monde.