Le jeu se déroule avant le 1er Panzer Dragoon, sur fond de guerre entre l’Empire dirigé par son sixième empereur et la nation de Meccania à propos des vestiges de l’âge ancien. Jean-Luc Lundi vit dans un village superstitieux où les coolias mutants sont tués car ils sont de mauvais présages. Lundi défie la tradition du village en adoptant un coolia mutant doté d’ailes et d’une gorge verte incandescente, qu’il nomme Lagi. Une fois Lagi adulte, Lundi sort le coolia pour essayer de le faire voler.
Pendant que Lundi sort Lagi, un vaisseau automatisé de l’Ancien Âge appelé Shelcoof détruit le village de Lundi. Lagi tire sur Shelcoof avec des lasers de sa bouche, l’attaque caractéristique des dragons de l’Ancien Âge. Lundi et Lagi poursuivent Shelcoof en parallèle avec les forces de Meccania, qui cherchent à contrôler Shelcoof.