Ms. Pac-Man Maze Madness combine l’action classique de Pac-Man (ou dans ce cas, Ms. Pac-Man), l’exploration de labyrinthes et des éléments de puzzle de type Sokoban. Les joueurs incarnent Ms. Pac-Man et doivent sauver Pac-Land une fois de plus. Bien que le jeu soit entièrement en 3D, les joueurs ne peuvent se déplacer que sur des chemins prédéfinis.

Les quatre merveilles, des régions mystiques séparées du reste de Pac-Land par des champs de force, contiennent quatre gemmes de vertu : générosité, vérité, sagesse et courage, chacune détenant suffisamment de pouvoir pour aider à protéger Pac-Land du mal. Cependant, un ennemi inconnu a transformé le château enchanté en maison hantée, déclenchant ainsi une réaction en chaîne du mal dans tout Pac-Land et les quatre merveilles. C’est à Ms. Pac-Man qu’il revient d’entrer dans les mondes en 3D des quatre merveilles et de mettre fin au mal une bonne fois pour toutes.