Mega Man Battle Network sur GBA marque le point de départ d’une toute nouvelle série basée sur l’univers du robot. Dans celle-ci, le joueur incarne à la fois un petit garçon dans le monde réel et son double virtuel qui évolue dans son ordinateur. Dans ce jeu de rôle tactique, vous devez déjouer les plans du Dr. Wily qui propage des virus dans le réseau mondial. Les combats du titre se déroulent sur un quadrillage et exigent de votre part une grande dose de tactique.