Il est de retour! Et cette fois, le diabolique Dr. Wily (autrefois, puissance suprême de l’univers) a créé des robots encore plus sinistres pour développer son attaque. Mais vous, MegaMan, avez aussi accru votre puissance et votre habileté. Pourrez-vous sauver l’humanité des funestes desseins du Dr. Wily?
Chacun des 8 empires est gouverné par un Super Robot. Vous devez vaincre chaque adversaire sur son terrain et amasser des armes le long de votre périple. Après avoir détruit les 8 robots, vous devrez affronter le Cerveau lui-même: le malfaisant Dr. Wily. Mais méfiez-vous MegaMan, car le Dr. Wily a des pouvoirs que ses créatures ne possédaient pas. L’Univers compte sur votre adresse et votre courage, assuré de votre victoire finale.