Lords of the Rising Sun est un jeu de stratégie avec une interface basée sur une carte géographique. Le joueur doit coordonner le déploiement de ses armées, assurer leur ressources et gérer leur compétences dans le but de combattre les armées adverses et de conquérir de nouveaux territoires. Le jeu inclut une dimension diplomatique permettant de négocier des alliances avec d’autres clans et propose de prendre part directement aux combats à travers cinq séquences d’action.

Les deux personnages jouables, Yoritomo et Yoshitsune, possèdent des compétences différentes : le premier est meilleur négociateur tandis que le second possède des armées plus aguerries. Avec Yoshitsune, les séquences d’action deviennent facultatives. Chaque partie peut avoir un cheminement très dissemblable compte tenu des possibilités d’évolution dans le clan Minamoto, des interactions avec les clans indépendants et de la difficulté de jeu adaptative (plus le joueur est fort, plus la difficulté augmente). À la fin de la partie, le joueur reçoit une évaluation parmi vingt-cinq possibles. Elle dépend des compétences acquises, du nombre de généraux commandés, de territoires détenus et de trésors sacrés collectés.