Le joueur incarne un programmeur bloqué et cloné à l’intérieur de son propre jeu. Il se transforme peu à peu en machine et il devra retrouver et détruire ses cinq clones avant de perdre définitivement sa forme humaine.

L’action se déroule dans l’Hydra, un univers imaginaire, le joueur s’y déplaçant de planète en planète, à la rencontre d’extraterrestres aux caractéristiques toujours différentes, qui l’aideront ou non, à accomplir sa quête. L’Arche du Capitaine Blood se caractérise par son système de dialogue relativement innovant, permettant de concevoir des phrases à partir d’icônes, ceci dans le but de communiquer avec les extraterrestres.

Le joueur commande un vaisseau biologique appelé Ark, et doit lancer des sondes sur les surfaces des planètes, en les faisant naviguer avec succès à travers le paysage pour localiser un alien. L’Ark peut également scanner les planètes et parfois téléporter les extraterrestres à différents endroits.