Le but de Frogger II est de manoeuvrer chaque grenouille vers une couchette en haut de l’écran. Une fois que toutes les couchettes sont remplies, le joueur passe au niveau suivant. Contrairement à son prédécesseur, le jeu comporte trois écrans consécutifs pour chaque niveau plutôt qu’un écran par niveau, avec des couchettes en haut de chacun des trois écrans qui doivent être remplis.