FIFA 06 propose de nouvelles commandes et un nouveau gameplay, les plus visibles étant davantage d’animations et une physique et une animation plus détaillées du ballon et des joueurs, la suppression des commandes Off the Ball peu appréciées mises en place dans la version 2004 et la refonte de l’interface des coups francs afin qu’il ne soit plus évident de savoir si le joueur a décidé de tirer au but ou de faire une passe à un attaquant. Une autre nouveauté est le concept de « Team Chemistry » (« alchimie d’équipe ») qui influence la qualité du jeu collectif d’une équipe.