Au 21e siècle, le maléfique empereur Garuda a conquis New York et tué nombre de ses habitants. Vous incarnez Hayate ou Kaede, deux ninjas essayant de libérer la ville du contrôle de Garuda. Blue Shadow est un jeu d’action à défilement latéral typique, consistant à courir, couper et sauter à travers 5 niveaux, chacun avec 4 sous-stations avec des ennemis nombreux et variés et un ennemi ennemi à la fin.