L’histoire de Radiant Silvergun commence avec la fin du monde. En tant que pilote du chasseur Radiant Silvergun, vous êtes envoyé dans le passé à la recherche de la clé qui sauvera la planète. À différentes époques, vous devrez affronter des hordes d’ennemis à la recherche d’un être extraterrestre connu sous le nom d’Origine. Ce n’est qu’en détruisant l’Origine que le sombre avenir de la planète pourra être modifié.
Pour s’attaquer à la nuée d’ennemis qui remplissent votre écran, vous disposez de trois moyens d’attaque différents. Un tir direct, un laser à tête chercheuse et un tir diffus dévastateur.