Star Trek: Strategic Operations Simulator est un jeu d’action d’arcade où vous prenez le contrôle de Starship Enterprise. Votre mission est de sauver la Fédération de NOMAD! Avant d’avoir une chance de détruire NOMAD, vous devrez vous frayer un chemin à travers dix niveaux (chacun composé de plusieurs tours). À chaque tour, vous pourrez rencontrer des combattants Klingons, des soucoupes anti-matière mortelles, des champs d’astéroïdes et des météores mortels, tous capables d’épuiser l’énergie des Entreprises. Le jeu se termine lorsque votre approvisionnement en énergie est complètement épuisé. Pour lutter contre ces dangers, l’Enterprise est équipée d’une réserve illimitée de phaseurs et d’une réserve limitée de torpilles à photons. Chaque tour contient également une ou plusieurs bases stellaires; si vous arrivez à une base stellaire, certaines de vos fournitures (comme l’énergie et les torpilles) seront réapprovisionnées. Le jeu se joue de deux points de vue; le haut de l’écran contient une vue à la troisième personne de l’Entreprise (avec les jauges des navires), et au bas de l’écran est un point de vue à la première personne