Phantasy Star II sur Megadrive est un jeu de rôle dont les combats se déroulent au tour par tour. Accompagné de 3 autres soldats, le héros Rolf Landale se voit assigner une nouvelle mission par le chef du gouvernement de la planète Mota. Il doit enquêter sur Mother Brain, le super ordinateur construit pour tout diriger mais qui semble justement échapper à tout contrôle.