Alien 3 sur Master System vous plonge directement après la fin du film "Aliens". Ellen Ripley, personnage principal de la saga, est en sommeil cryogénique à bord du Sulaco. Un alien s’est infiltré à bord, décimant l’équipage et provoquant le crash du vaisseau sur la planète Fiorina 161. Aidez Ripley à survivre et sauvez les prisonniers des griffes des aliens en attendant que les secours arrivent.