L’histoire étrange relate la quête de Goemon pour arrêter le mauvais Bismaru, qui a volé la machine de résurrection de l’Homme Sage. Goemon et ses amis doivent voyager à travers cinq mondes pour combattre le Dochuki, prince du monde souterrain, revenu d’entre les morts et détruire la machine. Chaque monde est conçu avec des styles et des thèmes japonais, et Mystical Ninja 2 starring Goemon continue la tradition de la série avec un humour excentrique et surréaliste