Après avoir vaincu Copy X dans le premier volet, Zero doit de nouveau partir au combat puisque la bataille entre Neo Arcadia et la Resistance fait toujours rage. Mega Man Zero 2 est un jeu d’action/plates-formes sur GBA dans lequel vous devrez parcourir plusieurs niveaux thématiques conduisant à des boss différents qu’il faudra bien évidemment vaincre.