Comme son prédécesseur, Mega Man Battle Network 4 se décline en deux versions (Blue Moon et Red Sun) qui diffèrent légèrement l’une de l’autre dans les pouvoirs acquis ou l’ordre des événements. Dans ce jeu de rôle, Lan et Mega Man trouvent des Dark Chips qui altèrent grandement l’esprit de celui qui les porte. Le héros lui-même peut tomber du côté obscur à cause de ces modules maléfiques.