Alien Breed II : The Horror Continues a un gameplay influencé par Gauntlet, similaire à celui du premier Alien Breed avec de nombreuses nouvelles fonctionnalités. Incarnant l’un des quatre soldats du Corps Interplanétaire, vous devez visiter une colonie isolée infestée d’aliens et détruire les envahisseurs extraterrestres. Le jeu est divisé en trois tours principales : Civile, Militaire et Scientifique. Des couloirs les relient également, ainsi que des niveaux extérieurs. Au total, il y a 17 zones, chacune présentant de nombreux extraterrestres et décors différents. Tout au long du jeu, vous accumulez des crédits qui peuvent être échangés contre des armes, des munitions ainsi que d’autres améliorations. Des clés sont collectées au fur et à mesure de votre progression pour accéder à des salles contenant des bonus. Le jeu peut être joué seul ou avec un ami.