Le jeu se déroule au 22ème siècle. Les scientifiques ont développé une nouvelle technique qui leur a permis de fusionner l’ADN des humains et des animaux, produisant de puissantes créatures appelées "Gears". Les personnages du jeu participent à un tournoi, dont le vainqueur affronterait un Gear devenu incontrôlable et menaçant de mener une rébellion contre les humains. Le jeu vous permet d’incarner des personnages familiers de la série Guilty Gear, tels que le héros principal Sol Badguy, qui a un certain lien avec les Gears, et son rival, le chef des Holy Knights nommé Ky Kiske. Il présente également un nouveau personnage, l’infirmière Fanny, qui se bat avec une seringue et a un lien mystérieux avec le chirurgien de génie, et plus tard meurtrier en série, le Dr Baldhead.