Wonder Stadium ’99 est sorti à peine cinq mois après le premier Wonder Stadium et n’apporte pas grand-chose en termes de gameplay. Cette mise à jour ajoute au jeu des informations sur la saison de baseball japonaise 1999. Par exemple, Matsuzaka de Seibu et Uehara des Yomiuri Giants.
Le jeu vous offre une sélection de 14 équipes fictives et professionnelles ainsi que trois stades différents, tout comme l’original.