Dans ce jeu, vous contrôlez un garçon nommé Klonoa. Un jour, il fait un rêve dans lequel il apprend que quelqu’un a volé un fragment de la lune. On lui dit que les voleurs sont probablement des peintres qui ont emporté le fragment de lune dans un musée. En entrant dans la musique, Klonoa est téléporté dans un monde mystérieux. Il doit maintenant faire preuve d’intelligence pour surmonter tous les obstacles de ce monde et récupérer le fragment de lune.