Phantasy Star sur Master System est un jeu de rôle dans lequel vous incarnez une jeune fille nommée Alis. L’histoire débute lorsque son frère est assassiné par Lassic. Alis se lance alors dans une quête pour stopper Lassic et, par la même occasion, sauver le monde. Les combats se déroulent en tour par tour et certains environnements sont visibles en 3 dimensions.